Backup of IT memo/linuxmemo4 (No. 1)

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  • 1 (2011-12-12 (Mon) 19:30:30)
  • 2 (2011-12-13 (Tue) 11:45:21)
  • 3 (2011-12-15 (Thu) 19:02:47)
  • 4 (2011-12-16 (Fri) 00:04:10)
  • 5 (2011-12-16 (Fri) 20:58:57)
  • 6 (2012-06-08 (Fri) 18:34:29)
  • 7 (2012-06-18 (Mon) 19:46:18)
  • 8 (2012-06-19 (Tue) 10:57:41)
  • 9 (2015-04-14 (Tue) 09:34:34)
  • 10 (2015-04-14 (Tue) 09:36:47)
  • 11 (2018-06-17 (Sun) 19:54:53)
  • 12 (2018-06-18 (Mon) 09:20:57)

IT memo/linuxmemo4

• IT memo/linuxmemo for fuyu.ucsd.edu
• IT memo/linuxmemo2 for isotope.ccsr.u-tokyo.ac.jp
• IT memo/linuxmemo3 for isotope2.iis.u-tokyo.ac.jp->decomposed

Setting up isotope2.ccsr.u-tokyo.ac.jp †

specification †

Name: isotope2
IP: 157.82.233.10
Cluster system
Headnode: Xeon X5680 (3.3GHz, hexa core) x2
Compute node: [Xeon X5690 (3.46GHz, hexa core)x2]x4
Storage: /data:8TB, /data1:11TB, /data2:11TB, /data3:9TB
Network: InfiniBand QDR (MPI/NFS)
OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

OS †

旧isotope2を生研からAORIに移設し、計算ノード、通信装置、ストレージを増設した。

softwares †

大抵はisotope2からそのまま引き継げでいる。詳しくは[IT memo/linuxmemo3]参照。

ganglia †

• ノード負荷状況のモニター。http://157.82.233.10/ganglia から見れる（CCSR内のみ）。

Benchmark †

NCEP/SIO GSM †

• http://http://g-rsm.wikispaces.com のグローバルモデルのテスト。
• mvapich2+intelでコンパイル。

  Run1 (headnode only) : 30.9s
  Run2 (node=1:ppn=8): 30.4s
  Run3 (node=2:ppn=4): 26.3s
  Run4 (node=4:ppn=2): 23.9s

  となり、nodeをまたいだほうが高速な結果が出た。本当かいな？