Backup source of IT memo/linuxmemo4 (No. 2)

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  • 1 (2011-12-12 (Mon) 19:30:30)
  • 2 (2011-12-13 (Tue) 11:45:21)
  • 3 (2011-12-15 (Thu) 19:02:47)
  • 4 (2011-12-16 (Fri) 00:04:10)
  • 5 (2011-12-16 (Fri) 20:58:57)
  • 6 (2012-06-08 (Fri) 18:34:29)
  • 7 (2012-06-18 (Mon) 19:46:18)
  • 8 (2012-06-19 (Tue) 10:57:41)
  • 9 (2015-04-14 (Tue) 09:34:34)
  • 10 (2015-04-14 (Tue) 09:36:47)
  • 11 (2018-06-17 (Sun) 19:54:53)
  • 12 (2018-06-18 (Mon) 09:20:57)

[[IT memo/linuxmemo4]]

- [[IT memo/linuxmemo]] for fuyu.ucsd.edu
- [[IT memo/linuxmemo2]] for isotope.ccsr.u-tokyo.ac.jp
- [[IT memo/linuxmemo3]] for isotope2.iis.u-tokyo.ac.jp->decomposed
*Setting up isotope2.ccsr.u-tokyo.ac.jp [#n1343bf2]

#contents
**specification [#od3291a8]
 Name: isotope2
 IP: 157.82.233.10
 Cluster system
 Headnode: Xeon X5680 (3.3GHz, hexa core) x2
 Compute node: [Xeon X5690 (3.46GHz, hexa core)x2]x4
 Storage: /data:8TB, /data1:11TB, /data2:11TB, /data3:9TB
 Network: InfiniBand QDR (MPI/NFS)
 OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

** OS [#oc0ca5f6]
旧isotope2を生研からAORIに移設し、計算ノード、通信装置、ストレージを増設した。

** softwares [#o93ecf92]
大抵はisotope2からそのまま引き継げでいる。詳しくは[IT memo/linuxmemo3]参照。

** ganglia [#s0a3fe41]
- ノード負荷状況のモニター。http://157.82.233.10/ganglia から見れる（CCSR内のみ）。

** Benchmark [#af5ded83]
*** NCEP/SIO GSM [#ka320ddd]
-http://http://g-rsm.wikispaces.com のグローバルモデルのテスト。
-mvapich2+intelでコンパイル。
 Run1 (headnode only): 30.9s
 Run2 (node=1:ppn=8):  30.4s
 Run3 (node=2:ppn=4):  26.3s
 Run4 (node=4:ppn=2):  23.9s
となり、nodeをまたいだほうが高速な結果が出た。本当かいな？

*** NCEP/SIO RSM [#gfcc5d91]
-上記と同様、領域版のテスト。
-mvapich2+intelでコンパイル
 Run1 (node=2:ppn=12): 536.2s
 Run2 (node=3:ppn=8):  518.6s
 Run3 (node=4:ppn=6):  510.5s
GSMの結果と同様に、nodeをまたいだほうが高速。CPUのBandwidthがボトルネックである可能性大。（だが、気にならないレベル）