Diff of IT memo/linuxmemo2 - Kei YOSHIMURA in AORI/IIS U-Tokyo

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Deleting diff of IT memo/linuxmemo2
- [[IT memo/linuxmemo]] for fuyu.ucsd.edu
- [[IT memo/linuxmemo3]] for isotope2.iis.u-tokyo.ac.jp

*Setting up isotope.ccsr.u-tokyo.ac.jp [#c016b9ad]

#contents
**specification [#b24819eb]
 Name: isotope
 IP: 157.82.233.153
 Body: HP Z600
 CPU: Xeon E5520 (2.26GHz, quad core) x2
 RAM: 6GB
 HDD: 1TB x2
 OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

** RHEL 5.4 [#za3ad3c1]
Multi languages and Developer's tools can be installed later by "Applications" -> "Add/Remove Software" -> "Languages" or "Development".

** Terastation (NAS)の設定 [#u53d4a43]
TS-XHL/R6を導入。WindowsのfilesystemのままRaid6で運用する。
- http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/605usens.html
- http://d.hatena.ne.jp/nobusue/20060603/p2

が参考になった。

- はじめの設定
-- WindowsマシンにNasNavigator2をインストールし、自動検出させる。IPが192.168～のままだとなぜか動かないので（Hubにつないでいるせい？）、157.82.233～を勝手に割り当てた。番号を埋めたことが問題になるようなら後で対応しよう。
-- ユーザー・パスワードを変更する。（重要）
-- 手元のWindowsマシンからディスクに読み書きができるか確認する。
- Linuxからの設定
-- 上記リンクの"mount -t smbfs"はRH5では動かない。"mount -t cifs"にする必要があるようだ。
-- # mount -t cifs -o username=XXX,password=XXX //157.82.xxx.xxx/share /mnt/nas1
-- ownerやpermissionが少し変になり、tarなどの解凍もあまりうまくはいかないが、バックアップ用途には使えそう。
** softwares [#s2287c48]

*** Intel compilers (11.1) [#yb4e4f32]
http://software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/ からIntel® Compiler Suite Professional Edition for Linuxを選び、ダウンロード。解凍後
、install.shを起動する。
*** MPICH1.2.7 -> /usr/local/mpich [#cab5efe7]
 ./configure --enable-debug --prefix=/usr/local/mpich -rsh=/usr/bin/ssh
 make
 su
 make install
-$MPICHDIR/exampleのhello++.ccのコンパイルでなぜか止まるが、実用上は問題なし。
-$HOME/.ssh/authorized_keysに$HOME/.ssh/id_rsa.pubもしくはid_dsa.pubを追加しておくことが必要。

*** MPICH2.1.3 -> /usr/local/mpich2 [#qd424d00]
特に変わったことなく、
 ./configure --prefix=/usr/local/mpich2
 make
 su 
 make install
でおしまい。MIROC5.0がMPICH2でしか動かないので入れた。
*** NetCDF4.0.1 [#r6ddfa36]
 $ setenv FC ifort
 $ setenv CC icc
 $ setenv CXX icc
 $ setenv CPPFLAGS -DpgiFortran
 $ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf
 $ make
 $ su
 # make install

*** DCL-5.3.3 [#i97d02b9]
 $ wget http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-5.3.3.tar.gz
 $ tar xvfz dcl-5.3.3.tar.gz
 $ cd dcl-5.3.3
 $ setenv FC ifort
 $ setenv CC gcc
 $ setenv DCLDIR-/usr/local/dcl-5.3.3
 $ ./configure --prefix=/usr/local/dcl-5.3.3 --disable-gtk --disable-gtk2
 $ make
 $ su
 # make install ; exit
 $ cd demo
 $ make
 $ cd gokuraku/hop ; hop

*** gtool3.5 [#ef1fcd84]
See http://hydro.iis.u-tokyo.ac.jp/~kei/?IT%20memo%2Flinuxmemo#i646c739

*** udunits-1.12.11 -> /usr/local [#k1cf917c]
needed for GT-GrADS
 wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-1.12.11.tar.gz
 tar xvfz udunits-1.12.11.tar.gz
 cd udunits-1.12.11/src
 setenv PERL
 ./configure
 make
 make install

*** udunits-2.1.19 -> /usr/local [#k374701b]
 wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-2.1.19.tar.gz
 cd udunits-2.1.19
 configure
 make 
 make install

*** netcdf-3.6.3 -> /usr/local [#r35aa3fe]
needed for GT-GrADS
 wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-3.6.3.tar.gz
 tar xvfz netcdf-3.6.3.tar.gz
 cd netcdf-3.6.3
 ./configure
 make
 make check
 make install

*** libgtool3-0.15.3 -> /usr/local [#ucfd9834]
needed for GT-GrADS
 Obtain from kmt server (or shui)
 configure
 make
 make install

*** GT-GrADS -> /home/kei/GT-GrADS [#v7f69bfa]
 Obtain from kmt server (or shui)
 ./configure --prefix=/home/kei/GT-GrADS GRADS_DATADIR=/home/kei/GrADS/data configure 
 make 
 make install

*** binutils-2.21 [#h6747d36]
-http://sourceware.org/binutils/
-http://www.icewalkers.com/Linux/Software/512760/binutils.html 
 $ tar xvf binutils-2.21.tar.gz
 $ cd bintils-2.21
 $ configure
 $ make
 # make install (to /usr/local directory)

*** libunwind-0.99 [#t8c376d4]
-http://www.nongnu.org/libunwind/
 $ tar xvf libunwind-0.99.tar.gz
 $ cd libunwind-0.99
 $ configure
 $ make 
 # make install (to /usr/local directory)

*** mpiP-3.2.1 [#r23c5b1b]
-http://mpip.sourceforge.net
-http://sourceforge.net/projects/mpip/
 $ tar xvf mpiP-3.2.1.tar.gz
 $ cd mpiP-3.2.1
 $ configure
 $ make
 $ make install (to local directory)

-MPIの通信を解析したいプログラムのコンパイル時に
 -L /home/kei/Desktop/mpiP-3.2.1/lib -lmpiP -lbfd -liberty -lm -lunwind
を追加する。そのプログラムを実行すると、
 mpiP: 
 mpiP: mpiP: mpiP V3.2.1 (Build Apr 26 2011/22:22:13)
 mpiP: Direct questions and errors to mpip-help@lists.sourceforge.net
 mpiP: 
ではじまり
 mpiP: 
 mpiP: Storing mpiP output in [./fcst_t62k28_n8.x.8.5572.1.mpiP].
 mpiP: 
で終わる。この./fcst_t62k28_n8.x.8.5572.1.mpiPを読む。
** Security Issues [#wf3ffd82]
-avahi-daemonの停止
 # chkconfig --list | grep avahi  ＃起動状況の確認
 # chkconfig avahi-daemon off
 # /etc/init.d/avahi-daemon stop

参考ページ
-http://itochif.com/contents/Linux/centos5/operation_0011.html
-http://blog.goo.ne.jp/takuminews/e/34b8038fef21e264b9ef39d9c7cec08d