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- [[IT memo/linuxmemo]] for fuyu.ucsd.edu
- [[IT memo/linuxmemo2]] for isotope.ccsr.u-tokyo.ac.jp

*Setting up isotope2.iis.u-tokyo.ac.jp [#z1e8ac8f]

#contents
**specification [#u69170a2]
 Name: isotope2
 IP: 157.82.150.162
 Body: VT64 9500 X-2S
 CPU: Xeon X5680 (3.3GHz, hexa core) x2
 RAM: 24GB
 HDD: 8TB (Raid5) + 320GB (Raid1)
 OS: RedHat Enterprise Linux 5 (Server)

** OS [#wa426d20]
業者のほうでRHEL5のインストール済み。ネットワークも設定済みのため、配線するだけで動いた。ただし、一度再起動した際は、なぜかうまく立ち上がらなかった。

** softwares [#afa12257]
大抵はisotopeからコピーするだけでOK。
- GrADS1.9 -> /home/kei/GrADS
- GrADS2.0 -> /home/kei/grads-2.0.a5
- DCL5.3.3 -> /home/kei/dcl-5.3.3
- GTOOL3.5 -> /home/kei/gtool3.5
- 各種ライブラリ -> /usr/local/lib
- Intel Compiler 11 -> /opt/intel
- MPICH by intel -> /usr/local/mpich
- MPICH2 by intel -> /usr/local/mpich2
- NCL6.0 -> /home/kei/NCL6.0
- NCL5.0 -> /home/kei/NCL

- ipython -> rpmパッケージからインストール
- scipy, numpy, matplotlib -> /home/nitta/python/lib64/python2.4/site-packages

*** DCLについて [#ye959c17]
http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-QA/dcl-QandA-2.html
にあるように、別のところで作ったものをコピーするだけだと、Xを出すときに
 *** MESSAGE (SWDOPN) ***  GRPH1 : STARTED / IWS =  1.                         
 ***** ERROR (SWCMLL) ***  COLORMAP LIST DOES NOT EXIST.                       
というエラーが出てくることがある。そのため、DCLを再インストールした。
 $ wget http://www.gfd-dennou.org/arch/dcl/dcl-5.3.3.tar.gz
 $ tar xvfz dcl-5.3.3.tar.gz
 $ cd dcl-5.3.3
 $ setenv FC ifort
 $ setenv CC gcc
 $ setenv DCLDIR /usr/local/dcl-5.3.3
 $ ./configure --prefix=/usr/local/dcl-5.3.3 --disable-gtk --disable-gtk2
 $ make
 $ su
 # make install ; exit
 $ cd demo
 $ make
 $ cd gokuraku/hop ; hop
*** 拡張版GTOOL3.5について [#w5a5200a]
URY16等、MIROC5から使用されている変数形式の取扱いを可能にしたGTOOL3.5をインストール。もともとは斎藤さんが作成したもの。
-http://amaterasu.ees.hokudai.ac.jp/~fswiki/miroc/wiki.cgi?page=MIROC-Changes-Page%2F66

 $ setenv GTOOLDIR /home/kei/gtool3.5_fuyuki_xzjmcs1
 $ cd $GTOOLDIR
 $ setenv DCLDIR /usr/local/dcl-5.3.3
 $ ln -sf $GTOOLDIR/libsrc/dcl533-gtool $GTOOLDIR/libsrc/dcl-gtool
 $ vi $GTOOLDIR/libsrc/sysmake/Makedef.Linux.endian
 --> Modify FC/CC/FLAGS etc. Use $DCLDIR/bin/dclfrt
 $ vi $GTOOLDIR/Mkinclude
 --> Modify PERLPATH, DCLLIBNAME, etc.
 $ make
 $ make install

*** 拡張版GTOOL3.5の変な仕様への対処について。 [#p4397f5f]
インストールの仕方によっては、以下のような問題が起きる。
-直接アクセスデータが4倍になる
-ファイル処理後、ヘッダが少しだけ（数十バイト）膨らむ

これらの問題は、依然原因はよくわからないのが、以下の方法で解決可能。

-直接アクセスデータが4倍になる
 ./MkincludeのOPTIONSに
 -assume byterecl -convert big_endian 
 をくっつけて、make clean, make, make installをすれば直ります。

-ファイル処理後、ヘッダが少しだけ（数十バイト）膨らむ
 ./libsrc/sysmake/Makedef.Linux.endianで、SYSCPPFLAGSで、
 ①-DCODE_ENDIAN
 ②-DE_EXTERNAL -DNO_DIREND
 ③-DE_EXTERNAL -DNO_DIREND -DCODE_ENDIAN
 の順で選択し、それぞれでmake clean, make, make installをすれば、
 なぜかなおりました。

特に後者は、なぜ解決するのかすらわからない。cleanしきれない残骸とかを参照してそういうことになっているのかも。